Grupa ENERGA i samorząd województwa kujawko-pomorskiego porozumiały się w sprawie budowy drugiego stopnia wodnego na Wiśle, ale inwestycji tej głęboko sprzeciwia się organizacja ekologiczna WWF. Potępia też poparcie, jakie inwestycji tej udzielają kolejne instytuacje publiczne. Według WWF, budowa ta - jako szkodliwa dla środowiska i niezgodna z prawem polskim i europejskim ? jest z góry skazana na porażkę, więc prace nad nią są marnowaniem pieniędzy, czasu i energii.

Inwestycja, wedle ekologów, spowodowałby znaczące i trwałe straty na terenach Natura 2000. Na podstawie danych z raportu pt. ?Ekologiczne bezpieczeństwo stopnia wodnego Włocławek? (przygotowanego w czerwcu 2008 przez Hydroprojekt) Komisja Ocen Oddziaływania na Środowisko stwierdziła, że kolejny stopień na Wiśle spowoduje znaczące i trwałe, nie dające się skompensować straty przyrodnicze w siedliskach i gatunkach objętych ochroną w sieci NATURA 2000, zaś decyzja o jego budowie ?mogłaby być skutecznie zaskarżona do sądów krajowych i europejskich?. co więcej, budowa nowego zbiornika zaporowego oznacza zniszczenie około 35 km biegu rzeki i zalanie ponad 600 ha siedlisk w dolinie Wisły, należących do sieci Natura 2000, w tym szczególnie chronionych w Unii Europejskiej lasów łęgowych. Zagrozi również gatunkom objętym ochroną, w tym ptakom związanym z naturalnym korytem i doliną rzeki jak zimorodek, sieweczka rzeczna czy derkacz. Budowa zapory na Wiśle to nie tylko niszczenie naturalnych siedlisk, ale także stworzenie poważnej przeszkody dla wędrówek ryb, nawet jeśli tama zostanie wyposażona w przepławkę.

Krajowa Komisja Ocen Oddziaływania na Środowisko oceniła, że możliwym do realizacji i skutecznym wariantem zabezpieczenia zapory we Włocławku jest budowa niskiego progu piętrzącego bezpośrednio poniżej tamy. Byłby on najmniej szkodliwy dla środowiska i tańszy. Brak zdecydowanej decyzji Ministerstwa Środowiska w tej sprawie pozostawia jednak furtkę na tworzenie dalszych, porozumień, listów intencyjnych i opracowywania dokumentacji dla kolejnych pomysłów, oddalając w bliżej nieokreśloną przyszłość rzeczywiste rozwiązanie problemu Włocławka.