Biopaliwa drugiej generacji, pochodzące z materiałów celulozowych oraz biopaliwa trzeciej generacji, pochodzące z alg, cieszą się coraz większym zainteresowaniem rynku. Wynika to głównie z wysokiego poziomu dotacji państwowych i programów finansowania badań zarówno w Europie, jak w USA. Według najnowszej analizy Frost & Sullivan, globalnej firmy doradczej, biopaliwa drugiej generacji mogą wkrótce zastąpić biopaliwa pierwszej generacji otrzymywane z surowców jadalnych. Biopaliwa trzeciej generacji są jeszcze w początkowej fazie rozwoju, zaś problemy dotyczące ich wdrażania są bardzo złożone.

Biopaliwa drugiej generacji umożliwią redukcję emisji gazów cieplarnianych w sektorze transportowym o ponad 80 procent. Technologia ta pozwoli na zmniejszenie emisji gazów cieplarnianych w sektorze transportowym do momentu, gdy nowe produkty, jak np. samochód elektryczny (EV) czy samochód napędzany ogniwem paliwowym (FCV) zastąpią wykorzystywane obecnie w transporcie silniki spalinowe i/lub silniki wysokoprężne.

Biopaliwa trzeciej generacji na bazie alg nie tylko ograniczą emisję gazów cieplarnianych podczas spalania, ale również umożliwią wychwytywanie cząsteczek CO2 z elektrowni, a nawet bezpośrednio z powietrza, a tym samym przyczynią się do dalszego zwiększenia redukcji emisji gazów cieplarnianych.

Zanim biopaliwa następnej generacji wejdą na rynek komercyjny, należy uporać się z problemem wciąż bardzo wysokich kosztów produkcji biomasy. Rozwiązaniem może być optymalizacja technologii przetwarzania różnych surowców wykorzystywanych do produkcji biopaliw. Poprawa wydajności produkcji przyczyni się do obniżenia kosztów. Ponadto, bardziej efektywne wykorzystanie cennych produktów ubocznych jest niezbędne do zapewnienia wzrostu dochodów właścicieli rafinerii.

Współpraca z instytucjami badawczymi, takimi jak uniwersytety, wpłynie pozytywnie na rozwój rynku biopaliw. Badacze i producenci muszą wykorzystać optymalnie pomoc finansową otrzymywaną od państwa. Zakłady produkcyjne biopaliw powinny znajdować się na obszarach wiejskich, w celu łatwiejszego dostępu do biomasy i przyspieszenia rozwoju obszarów wiejskich.